仅增值税一般纳税人可进行抵扣勾选操作，小规模纳税人无需办理此项业务。
仅增值税一般纳税人可进行抵扣勾选操作，小规模纳税人无需办理此项业务。
在主菜单栏选择【抵扣勾选】->【发票抵扣勾选】。
设置查询条件（如开票日期范围），点击【查询】。
系统将列出所有可勾选的进项发票。逐页核对或根据发票代码、号码精准查询。
在需要抵扣的发票前的方框内打"√"。（重要：请仔细核对清单中"是否逾期"等状态提示）
选择完毕后，点击【提交】，系统弹出确认对话框，点击【确定】完成本次勾选。
勾选仅表示"我选择了这些发票"，确认才表示"我正式申请抵扣这些发票"。
选择【抵扣勾选】->【抵扣勾选统计】。
点击【申请统计】，系统将生成当前所属期的勾选统计表。
仔细核对统计表中的发票数量、金额、税额是否与您的账务记录一致。
确认无误后，点击【确认】按钮。
一旦确认成功，本所属期的勾选操作即告完成，且不可撤销。
确认后，可通过【抵扣勾选】->【历史周期统计查询】查看过往已确认的数据。
将确认的抵扣数据与申报表数据进行最终核对，确保一致。
以下情形的选项发票，即使出现在可勾选列表中，也不得进行抵扣勾选，否则将面临税务风险。
| 类别 | 具体情形 | 原因/依据 |
|---|---|---|
| 1. 用途不符 | 用于简易计税方法计税项目 | 一般计税方法无关，进项税额不得抵扣 |
| 用于免征增值税项目 | 对应收入本身不产生销项税。 | |
| 用于集体福利（如员工食堂、宿舍购货） | 属于个人消费性质。 | |
| 用于个人消费（如发给员工的礼品） | 不属于公司经营支出。 | |
| 2. 凭证不合规 | 发票备注栏未按规定填写或填写错误（如建筑服务、不动产租赁等） | 属于不合规发票，不得作为抵扣凭证。 |
| 发票票面信息不完整、不清晰或压线错格 | 属于不合规发票。 | |
| 收到的是普通发票（非增值税专用发票、机动车销售统一发票等） | 普通发票（除特定情况外）本身不具有扣款。 | |
| 3. 非正常损失 | 因管理不善造成的被盗、丢失、霉烂变质等存货损失 | 与其相关的进项税额需作转出处理。 |
| 非正常损失的在产品、产品品种耗用的购进货物等 | 同上。 | |
| 4. 贷款与服务相关 | 贷款服务相关的进项税 | 明确规定不得抵扣。 |
| 餐饮服务的进项税 | 明确规定不得抵扣（除特殊情况如出差作为差旅费一部分）。 | |
| 居民日常服务的进项税 | 明确规定不得抵扣。 | |
| 娱乐服务的进项税 | 明确规定不得抵扣。 | |
| 5. 其他情形 | 卖方单位处于非正常户、失联状态 | 其开具的发票可能被列为异常凭证，暂存绝对禁止抵扣，需立即向税务机关报告。 |
| 收到的是失控发票、虚开发票 | ||
| 用于消费税应税项目的某些特定购进货物（如购进烟、酒用于生产应税消费品） | 特定政策规定。 |
无需预处理的发票：数电票开具的自产农产品销售发票、农产品收购发票、一般纳税人开具的9%农产品专票，直接在【抵扣类勾选】->【发票】模块查询勾选。
需预处理的发票：
抵扣规则提示：购进农产品用于生产 13% 税率货物的，可在领用环节加计 1% 抵扣（总扣除率 10%），需单独核算对应进项税额。
进入【抵扣类勾选】→【海关缴款书】模块，勾选状态选"未勾选"，设置"填发日期"条件查询，勾选对应缴款书后提交，后续统计确认流程与通用发票一致。
直接在【抵扣类勾选】模块查询，筛选"电子发票（铁路电子客票）""电子发票（航空运输电子客票行程单）"，勾选后完成统计确认，税额填入申报表第 2 栏。
在"确认"前：可返回【发票抵扣勾选】模块，取消勾选后重新提交。
在"确认"后：无法在本期撤销。若已抵扣，需在发现当月申报表第 23 栏"其他应作进项税额转出的情形"填写对应税额。
（1）已申报未缴税款（申报期内）：
（2）已申报且缴税款：无法追溯当期抵扣，需在后续属期勾选抵扣对应销项税额（2020 年 3 月 1 日后取消 360 天认证期限制，逾期发票仍可勾选）。
(1) 误将抵扣发票勾为"出口退税勾选"：
(2) 误将退税缴款书勾为"抵扣勾选"：
若以上均无问题，先在"全国增值税发票查验平台"验证发票真实性，再联系主管税务机关排查数据同步问题。
国家税务总局电子税务局是唯一平台；
每个税款所属期内（当月1日至次月15日申报期结束前）均可操作勾选确认。但建议在申报截止日前1-2天完成，以免网络拥堵。
对于合规且用于应税项目的发票，应及时勾选抵扣，降低税负。
对于上述第三部分列明的不得抵扣情形，必须保持警惕，坚决不勾选，确保税务合规。